Сегодня в музейном комплексе открыты три экспозиции. Они размещены в Водонапорной башне и помещении бывшего резервуара Главной водопроводной станции.
Экспозиция «Мир воды Санкт-Петербурга», находящаяся в здании Водонапорной башни, рассказывает об история водопроводов у разных народов и истории водоснабжения в Санкт-Петербурге. Среди экспонатов – колодцы и деревянные трубы, медные умывальники и керамические рукомои, старинные чертежи и фотографии.
Мультимедийная экспозиция в левой пристройке Водонапорной башни – «Подземный мир Петербурга» предлагает отправиться в путешествие под землей, повторяющее путь воды: от водозабора по трубам в квартиры – и обратно, на очистные сооружения. Здесь же – один из самых больших макетов исторического центра города.
Мультимедийная экспозиция в левой пристройке Водонапорной башни «Вселенная Воды» расскажет о воде все: вода как величайшая тайна, вода как лекарство, вода как разрушитель, вода как эталон, вода как музыка… Мультимедийные технологии и эффекты чередуются здесь с экспонатами, которые можно трогать руками. Окружающее посетителей пространство изменчиво, как изменчива сама вода: меняются звуки, видеоряд, световые настроения...
Экспозиции «Подземный Петербург» и «Вселенная Воды» можно посетить только с экскурсиями. Экспозицию «Мир воды Санкт-Петербурга» можно осматривать как в составе экскурсионной группы, так и самостоятельно.
Также специалистами музейного комплекса разработано более десятка интерактивных программ, рассчитанных на детей разного возраста – от дошкольников до подростков.
Регулярно в музее проводятся семейные тематические интерактивные программы, а также программы, посвященные различным праздникам и событиям.
В правой пристройке Водонапорной башни проводятся выставки. Кстати, 28 апреля здесь состоялось открытие выставки «Я – водоканалец: я помню, я горжусь!», посвященной празднованию 70-летия Великой Победы.